آلودگی های میکروبی گل های کروکوس در سطح خاک شکوفا می شوند و از این رو کودهای آلی و کمپوست منابع اصلی میکروارگانیسم ها هستند. فلور میکروبی زعفران معمولاً حاوی باکتری‌های هاگ‌ساز هوازی مانند باسیلوس و قارچ و به ندرت ای کولای، لاکتوباسیلوس، میکروکوک، استافیلوکوک و استرپتوکوک است.
فرآیند استریل کردن با حرارت دادن توصیه نمی شود زیرا بر رنگ، طعم و بوی محصول تأثیر می گذارد. همانطور که در ادبیات پیدا شده است، پرتوهای گاما، مایکروویو و فرابنفش (UV) همراه با بخور توسط اکسید اتیلن باید مفیدتر باشند، در حالی که گزارش اخیر نشان می دهد که کاهش گلیکوزیدها و افزایش محتوای آگلیکون در نمونه های پرتودهی شده احتمال تخریب رنگدانه ها در طی تابش گاما در نظر گرفته شده است.
اختلاط زعفران صادراتی قائنات با موادی مانند چغندر، الیاف انار و الیاف ابریشم قرمز رنگ شده گاهی اوقات برای کاهش قیمت زعفران مشاهده می شود. دانه های زرد رنگ زعفران را با کلاله یا پودر زعفران مخلوط کرده اند تا جرم آن افزایش یابد.
گاهی اوقات گل‌های گیاهان دیگر، به‌ویژه Carthamus tinctorius، یا گلرنگ، Calendula officinalis، یا همیشه بهار، آرنیکا و علف‌های رنگی به طور تقلبی با کلاله‌های اصلی مخلوط می‌شوند.
گزارش شده است که مواد تقلبی با سولفات کلسیم پر شده و به ساخارین یا گلوکز متصل شده اند که پس از سوزاندن 40 درصد خاکستر تولید می شود. زردچوبه، پاپریکا و مواد دیگر هنوز با پودر زعفران ترکیب شده اند.
برچسب اشتباه رایج زردچوبه (Curcuma longa) به‌عنوان «زعفران هندی»، «زعفران آمریکایی» یا «زعفران مکزیکی» نیز به تقلب محدود می‌شود، بنابراین باید مراقب بسته‌های فهرست‌شده در بالا باشید زیرا هیچ یک از آنها متعلق به C. sativus نیستند.
افزودن رنگ‌های مصنوعی رایج‌ترین روش تقلب با هدف گمراه کردن مصرف‌کننده برای بهبود ظاهر کلاله‌های خشک شده یا حتی سایر مواد اضافی برای افزایش قدرت رنگ‌آمیزی عصاره آبی است. هنگامی که زعفران برای اهداف درمانی استفاده می شود، تقلب آن را کاملاً بی فایده یا حتی مضر می کند.[35،36]
